口袋妖怪火红中的神兽拥有独特的技能组合，这些技能往往具备高威力或特殊效果。急冻鸟作为冰/飞行系神兽，掌握冰冻光线、暴风雪、高速移动和忍耐，其冰冻光线能造成稳定伤害并附带冰冻概率，暴风雪则是高威力群体技能但命中率较低。闪电鸟的电系技能包括电磁波、十万伏特、尖钻攻击和高速移动，电磁波可麻痹对手限制行动，十万伏特作为本系高威力技能是主要输出手段。火焰鸟的火系技能以火焰漩涡、火焰喷射、高速移动和忍耐为主，火焰喷射命中稳定且附带灼伤概率，火焰漩涡可持续消耗对手血量。
超梦作为超能力系神兽，技能配置侧重特攻输出与控场。其精神干扰是核心输出技能，附带降低对手特防概率；自我再生提供续航能力；屏障可大幅提升防御；冰冻光束则用于针对龙系和飞行系对手。洛奇亚作为超能/飞行系神兽，技能组合包括空气爆炸、自我再生、地震和冷冻光线，空气爆炸是本系高威力技能，地震用于反制电系敌人。三圣兽中雷公擅长雷电和咬碎，炎帝掌握喷火和阳光烈焰，水君则拥有冲浪和镜面反射，这些技能均体现其属性特点与战术定位。
梦幻能通过学习机器掌握几乎所有技能机招式，包括破坏光线、地震、影子球等跨属性技能。迪奥西斯的四种形态对应不同技能倾向：攻击形态侧重精神增压和破坏光线，防御形态擅长宇宙力量和自我再生。古拉顿的喷火与地震组合形成地面系压制力，盖欧卡的根源波动与水炮构成双重水系打击。这些技能设计使神兽在战斗中具备明确的战术分工。
急冻鸟的暴风雪需通过升级习得，闪电鸟的十万伏特需使用技能机器24。超梦的精神干扰为升级技能，而冰冻光束需通过技能机器13学习。火焰鸟的火焰喷射可通过升级获得，大字爆炎则需使用技能机器38。玩家需合理规划技能学习顺序，优先保留高威力本系技能，针对性补充克制属性招式以应对不同战斗环境。
神兽技能的实战应用需考虑属性克制与队伍搭配。冰系技能对龙系和飞行系效果显著，但需规避钢系和火系抵抗；电系技能克制水系但会被地面系免疫。超能力技能对格斗系和毒系效果拔群，但遭遇恶系和虫系时会受制约。火系技能对草系和虫系具有优势，但面对水系和岩石系时效果减弱。合理的技能组合能最大限度发挥神兽的战场统治力。
神兽技能的强化依赖个体值与努力值分配。特攻型神兽如超梦和闪电鸟需重点提升特攻努力值，物理型神兽如古拉顿则需强化攻击努力值。速度努力值对先手权至关重要，防御努力值能提升生存能力。使用增强剂可快速提升单项能力值，但需注意每项能力最高只能通过增强剂提升100点。通过战斗获得的努力值需针对特定野生精灵进行定向积累，这是优化神兽战斗表现的关键环节。
